新疆医科大学厚博学院于2003年5月6日在乌鲁木齐获准成立，2004年2月5日由国家教育部教发函〔2004〕13号文件确认，是由新疆医科大学举办的、充分依托大学优质教育资源和办学优势建设发展的独立学院。2012年12月6日，克拉玛依市委市政府与新疆医科大学共同签订了合作建设新疆医科大学厚博学院协议书。2015年9月新校区落成，学院正式搬迁至克拉玛依市。克拉玛依校区位于克拉玛依市城南新区，规划总面积1500余亩，总建筑面积24万平方米。校园由美国NBBJ公司规划设计，学院建设完成后，硬件条件、基础设施将达到国内一流水平。此外，学院的临床教学和实习基地依托新疆医科大学的母体优势，基本可以满足实践教学和临床实习需求。

学院以医学类专业为主，目前开设临床医学、口腔医学、麻醉学、药学、医学影像技术、医学检验技术、护理学、中西医临床医学、公共事业管理、信息管理与信息系统、卫生检验与检疫等13个专业。